下克上
應仁之亂後，混亂成為常態，對守護而言將軍的權威已然衰弱，對守護之下的家臣而言，因守護家分身的分裂及國人家臣的叛亂，守護的權威也低落，城市居民與農民也透過一揆的手段反抗統治階級。只要自己有實力，就會想自己站起來，這就是「下克上」，也是長達一個世紀的戰國時代的開端。
守護大名被家臣或國人、農民推倒者眾。1485AD山城守護畠山氏分裂，南山城國人集結趕走兩派畠山，進行了8年國人自治，為山城國一揆。1488AD加賀國一向宗打敗守護富樫氏，之後一個世紀加賀國由一向宗治理。管領細川氏實權為其家臣三好長慶所奪，長慶死後三好家實權為松永久秀所奪。
戰國大名
八代將軍足利義政滅鎌倉公方足利持氏，後持氏子成氏繼任，與關東管領上杉氏不和，遷到下總古河，為古河公方。義政派弟弟政知繼任鎌倉公方，但他實力弱到不了鎌倉，故落腳伊豆堀越，為堀越公方。關東管領上杉氏也分裂為山內上杉與扇谷上杉，鎌倉府上下都分裂。
北条早雲（伊勢宗瑞）消滅堀越公方，統治相模、伊豆，之後氏綱、氏康兩代，統治大部份關東地區。尾張與越前的守護斯波氏分別為其守護代織田氏與朝倉氏取代；十六世紀中越後守護代長尾景虎取代主家，之後襲關東管領一職，並改名上杉政虎、上杉輝虎，法名謙信。甲斐守護武田信玄將勢力擴大到信濃，並與上杉謙信進行五次川中島之戰；駿河、遠江守護今川義元將勢力擴大到三河，並於1560AD上洛。油商出身的長井規秀，襲齋藤家名後（法名道三），藉機趕走主家土岐氏，統治美濃；擁有周防、長門兩國、控制瀨戶內海、坐擁勘合貿易的名門大內氏，1551AD為家臣陶晴賢擊敗，1555AD安藝國人毛利元就於嚴島會戰中擊敗陶晴賢，毛利氏爾後發展為西國十國的大名；四國由長宗我部氏控制；九州由島津、大友、龍造寺三強爭霸；陸奧地方有伊達氏。
上述戰國大名中只有武田、今川、大友、島津、伊達等是由守護大名成功轉型，其他都是下克上取得權力。
領國統治
戰國大名對其轄下分國進行更為嚴密的統治。將國人、地頭進行嚴密家臣化，訂定管理法規「分國法」，例如武田氏「信玄家法」、伊達氏「塵芥集」、今川氏「今川假名目錄」。分國法是一種協約，代表大名也不能濫權。
戰國大名統治權提高，因而能夠建造如「信玄堤」這種大型、全國性的建設；關所等設施也僅保留國界處，國內的都撤除；大規模種植經濟作物、開發礦山、研發新技術、檢地。這些都是以往守護大名難以做到的。
戰國時代以前的古代城市，諸如京都、奈良等為政治、經濟與文化的中心；另有寺社為中心的「門前町」。戰國時代大名從山城搬到交通要衝或經濟要地的平城，周圍形成「城下町」，成為新的政治、經濟與文化的中心，例如大內氏的山口、北条氏的小田原。為求商業發達，採取樂市、樂座政策，撤除原有「座」的特權，讓交易更為自由。另有因水陸交通要衝形成的港町與驛站町。一向宗發達地方如石山本願寺有寺內町大坂，越前的吉崎；堺、平野、博多等則是從農民自治組織惣擴大為城市而來，其中堺的自治組織為36名大商人組成的「會合眾」，並擁有傭兵；博多則是12名每年更換一次的「年行司」管理。京都法華一揆本質上也是有實力町民為保護被農民攻擊的土倉與酒屋而生。
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