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大政奉還

長州藩由於討幕派得勢，幕府決定第二次征討長州。此時薩摩藩也由下級武士西鄉隆盛、大久保利通等人掌握藩政，認為幕府必敗，因此拒絕出兵協助幕府，隔年1866AD（慶應2年）在土佐藩坂本龍馬、中岡慎太郎等人居中協調下，秘密建立薩長同盟，以薩摩名義買進武器轉交給長州藩。薩長同盟也是後來明治維新政權的核心。同年，爆發了全國性的人民起義，對幕府產生巨大衝擊，也強化薩長等人的決心。

公武合體

井伊直弼死後，安藤信正擔任老中，停止對一橋派壓迫，並與朝廷交好，促使孝明天皇妹妹和宮親子內親王與將軍家茂聯姻，此為「公武合體」。公武合體得到各藩主與上級武士的支持，與下級武士推動的「尊王攘夷」分道揚鑣。尊攘論者反對和宮與家茂聯姻，1862AD水戶藩士行刺安藤未成，但安藤下台，為「坂下門外之變」。

黑船事件

1840AD清朝鴉片戰爭，戰敗後被迫門戶開放。幕府因此停止了驅逐異國船隻令，以免遭到不測，但對於1844AD荷蘭國王親筆信建議開放門戶，仍然拒絕。

對於日本開放門戶最有需要的是美國。當時加州已成為美國國土，但因為橫跨全國的鐵路還未完成，因此西岸地方需要跟亞洲貿易，加上日本附近有優良捕鯨場，美船需要補給港。另外日本也是美國對中國交通的樞紐。1853AD美國東印度艦隊司令官培里率領四艘軍艦到浦賀，遞交國書要求開國。開國要求是比開港更為強硬，幕府衡量形勢勉強收下國書，培里約定隔年再來聽答覆，此為「黑船來航」事件。之後俄國使節普提雅廷來到長崎也要求開國。

尊王論

儘管政權更迭，但日本天皇一直是形式上與思想上的國家元首，幕府是天皇將政務委託出去而存在，因此過往的尊王思想除了尊敬的意涵，也包括藉此提高幕府的權威。江戶中期以後的尊王思想有了變化，不再是以幕府為本，而是希望建立一個以天皇為政治中心的國家。在經濟上大坂與江戶成為全國性的經濟中心，此種全國統一的型態也對幕藩的各地區分割統治產生衝擊，及成為尊王論的基礎。

化政文化

江戶後期，時代的劇烈變動，文化中心從京都轉移到江戶。十九世紀初的日本文化以江戶為中心，以年號（文化、文政）來稱呼為「化政文化」。封建社會日益混亂，人們心中已經失去方向與希望，轉以追求情慾、現實享受的頹廢與懦弱，加上封建統治者幾次改革對人民帶來更多的打壓，這時期的文化表現方式也帶有諷刺與譏笑時政的成份。

天保改革

天保年間，1833AD至1839AD發生天保大饑饉，連大坂都餓死人多人，但豪商囤米牟取暴利，幕府還把米往江戶運走。1837AD大坂下級官吏也是陽明學者大塩平八郎動員民眾襲擊富商，把大米跟錢分給貧民，史稱大塩平八郎之亂。由於幕府官吏帶頭，因此衝擊全國，越後柏崎的生田萬就自稱是大塩的門生發起叛亂。

改世一揆

九代將軍家重體弱多病，又恢復了近臣政治。十代將軍家治時近臣田沼意次擔任老中。田沼大力推動享保改革末期與商業資本家妥協的政策，藉著給予特權獲得稅收。銅、鐵、黃銅等由幕府專賣或是授權給商人再收稅。很積極地中國貿易賺取金銀。與商業資本家結合，一方面違害生產商品的農民的利益，城市居民也因商人特權造成的物價上漲受苦，以及賄賂橫行、社會腐敗、1783AD淺間火山爆發及1782AD至1787AD天明大饑饉，人民一揆不斷。1784AD意次子意知在江戶城中被刺，意次最終也垮台。

封建崩潰

封建體制的運作方式是統治者牢牢控制下層人民，包括透過徵稅拿走下層人民的收入、控制下層人民的生活各層面、經濟上也是一切都掌握在手中，只要不出軌體制便可運作正常。然而當生產力提高帶來的商品經濟及對下層人民的控制開始鬆動，封建體制就開始崩潰。

元祿時代

江戶幕府至五代將軍德川綱吉的一百年間，生產力迅速上升，礦產與貿易也帶來大量收入，加上不再有戰亂，全國走向豪奢之風。許多商人暴富，但因欠缺投資管道，只能極盡揮霍財富。

綱吉本身生活奢侈，加上與其母信佛教，因此建造大寺院，支出龐大。另一方面，礦產與貿易的貢獻漸漸減少，江戶大火燒燬江戶城與許多市街，需要重建經費，因此幕府反而陷入缺錢窘境。綱吉聽從財政負責人萩原重秀建議新鑄成份較差的貨幣，結果造成物價大漲。

由於太平時代來臨，可以進行大型基礎建設，灌溉工程的發達而開發了許多新田。十六世紀末日本耕地面積約150萬町步（1町步約1公頃），十八世紀中葉為300萬町步，明治初期已達450萬町步。而農業技術進步也提高農業生產力，十七世紀末宮崎安貞研究明朝的農政全書，融入日本農業技術出版了農業全書。農產品因此從自給自足走向商品化，出現了各地特產的概念。

貿易

德川家康鼓勵對外貿易。1600AD荷蘭商船尼弗德號漂流到九州，這是荷蘭人來到日本的開始，船上航海士等人被家康請為外交與貿易顧問，其中一位就是後來有了日本名字的三浦按針。荷蘭與英國分別於1609AD及1613AD獲得硃印狀，兩國在平戶設立商館。1609AD西班牙駐呂宋前總督回墨西哥時，船漂到上總（千葉縣），家康派船送他回國，隨行有京都商人田中勝介，這是日本人首次橫渡太平洋到美洲。伊達政宗曾派家臣支倉常長經由墨西哥到達歐洲，晉見當時西班牙國王跟羅馬教皇，但其通商目的沒有達成。葡萄牙人從澳門運送生絲到日本獲得暴利，幕府於1604AD設立「絲割符制度」，由京都、大坂、堺、長崎、江戶等「五所商人」成立「絲割符仲間」，壟斷生絲買賣。

江戶初期社會

透過「禁中並公家諸法度」，朝廷與公家的行為受到約束與限制。天皇的領地約等於一個小大名的領地，攝關家與親王也只等於一個中等旗本的領地，因此皇宮修建或禮儀費用都是幕府另外支應。

寺社開始採行本山/本社相對於末寺/末社的制度，只有各派的本山/本社能擁有領地。另外為對抗天主教，幕府強制要求人民成為各寺社的信眾，這種「寺保」制度也讓寺社有其他收入來源。

關原之戰

豐臣秀吉死後，豐臣政權立即陷入危機，因為嗣子秀賴僅5歲，無法承接父親的豐功偉蹟及帶來的聲望，無法妥善收拾侵朝戰爭的後事，也因此無法有效壓制諸大名。另一個原因是世代相傳的家臣團（譜代家臣）是當時封建政權穩固的基礎，但秀吉是農民之子，僅他一代就成為天下霸主，他沒有譜代家臣。第三個原因是五大老、五奉行制不是穩固的統治機關，比起前兩個幕府統治能力大為不足。

侵朝戰爭

豐臣秀吉統一天下後，為獎勵對外貿易，因此禁止倭寇行為，發給長崎、京都、堺等地商人出海貿易的證明書「硃印狀」，證明其商人身份。

出兵九州時，發現長崎變成耶穌會領地，以及葡萄牙人把日本人當奴隸輸出，因此採取禁止天主教的政策，但因為希望跟各國貿易的關係，禁教並不徹底。

太閤立志傳

本能寺之變後，正在備中（岡山縣西部）與毛利氏作戰的羽柴秀吉，迅速與毛利和談，並以五天的時間，從備中高松城（JR西日本吉備線備中高松站）急行軍到達尼崎（JR西日本神戶線尼崎站，位於阪神之間），稱為「中國大撤退」。此舉令明智光秀措手不及，兩軍在山崎（大阪府三島郡島本町山崎，JR西日本京都線山崎站，大阪府與京都府交界處）展開戰鬥，秀吉獲勝，是為「山崎之戰」。

大航海時代

1467AD開始的應仁之亂為戰國時代揭開序幕。同一時期，1492AD哥倫布發現新大陸，1494AD達伽馬繞過非洲南端好望角到達印度，開啟了大航海時代。十六世紀西班牙將菲律賓置為殖民地，葡萄牙則把印度西岸果阿及中國澳門設為根據地。

1543AD一艘澳門往寧波的葡萄牙商船漂流到種子島，領主種子島時堯開始研究並生產鐵砲（火槍），這是日本人接觸歐洲文化的開始，也是鐵砲改變日本軍事思想、城堡建築的開始，戰爭內容的改變也形成大者恆大，小割據勢力無法生存的發展。

下克上

應仁之亂後，混亂成為常態，對守護而言將軍的權威已然衰弱，對守護之下的家臣而言，因守護家分身的分裂及國人家臣的叛亂，守護的權威也低落，城市居民與農民也透過一揆的手段反抗統治階級。只要自己有實力，就會想自己站起來，這就是「下克上」，也是長達一個世紀的戰國時代的開端。

室町文化

京都的公家文化隨著朝廷的衰弱，被武家文化與平民文化取代，是為室町文化。武家信仰的禪宗影響了室町文化的內涵，走向深入內在的追求與喜愛閑靜。詩歌「連歌」是多人接力合吟五十句甚至一百句的長歌，到室町時代「菟久波集」是部敕撰連歌集，之後出現俳偕連歌，將連歌的第一句獨立出來。大眾小說「御伽草子」，描述武士、僧侶、平民、擬人化動植物，是一種民間傳說。

一揆

鎌倉末期以來，地頭與名主之下的普通農民愈來愈有實力，畿內及周遭地區的農民開始發展組織「村」，例如負責祭祀的「宮座」成為管理中心，「寄合」就是村民大會，制訂公約「村掟」，並自己行始警察權與裁判權，稱為「惣」「惣村」，有些地方幾個村聯合成「鄉」，工商發達的地方惣就是工商組織。

勘合貿易

室町幕府的經濟基礎建立在幾個方面。「公方御料所」「政所御料所」是直轄領地，由譜代家臣管理，收取年貢。另外，幕府初年徵收段錢（土地稅）、棟別錢（戶稅）與關錢（交通要地設立關所收稅），但成效不彰，足利義滿時代改以針對高利貸業者「土倉」及釀酒業「酒屋」提供保護與特權，藉以徵收高額土倉役與酒屋役替代。