北条政權
鎌倉幕府雖由源賴朝一手建立並掌握實權，但1199AD死後，其子賴家年僅17歲即位，經驗與威望俱不足，大權旁落外戚北条氏。1203AD，賴朝正室北条政子的父親、伊豆豪族北条時政廢賴家，由其弟、年僅11歲的実朝為將軍，自己擔任政所（公文所）長官，後來他藉機殺了賴家。1213AD，時政子義時打敗了開幕以來實力雄厚的御家人和田義盛，兼任侍所長官，這樣軍政大權皆在手中，成為「執權」，往後便由北条氏世襲。
第三代源氏將軍実朝在1219年被二代將軍賴家之子公曉暗殺，公曉之後也被北条氏所殺，賴朝一族正式絕嗣。因此雖說鎌倉幕府是源氏一族建立，但實際上真正掌權的卻是平氏的後代北条氏。以親疏關係來看，北条時政是平清盛的十四等親，以輩份來看清盛與時政是很遠房叔姪關係。此後曾打算迎皇族繼任將軍，但因朝廷方面另有考慮未成，因而迎來賴朝的妹妹的曾孫藤原（九条）賴経為將軍，一直到1226年賴経8歲元服前，有近七年的時間實際上沒有將軍。
賴経外祖父西園寺公経與父親九条道家意圖介入幕府，引發北条氏敵意，逼賴経讓位於其子賴嗣，兩位合稱「攝家將軍」。1247AD第五代執權時賴平定御家人三浦泰村之亂，1251AD名越光時等反北条勢力集結在賴経周圍，因此時賴將賴経送回京都，並迎來宗尊親王為第一任親王將軍。
這個時期的北条政權是武士聯合政權性質，也就是不希望將軍獨裁，因此北条氏地位最高，但還是得顧及其他武士的意見。義時之子泰時繼任執權，增設「聯署」一職輔佐執權，又設「評定眾」，由實力御家人及通曉政務者擔任，也就是一種合議制。
承久之亂
後白河法皇駕崩後，後鳥羽天皇也退位成為上皇開理院政，此時朝廷與幕府關係並未改善，因為幕府在政治上奪走統治權，經濟上也大幅侵蝕莊園領主的利益，也就等於間接侵蝕皇族與公家的利益。後鳥羽上皇經濟上把皇室領地再次集結起來，軍事上在「北面武士」外又新設「西面武士」。此時幕府正因公曉暗殺事件內部相當不穩，後鳥羽上皇便向幕府方面提出罷免守護、地頭的要求，拒絕幕府方面提出迎皇族繼任將軍等動作，甚至於1221AD發出討幕令。
此時的幕府，在「尼將軍」政子的演說下，以東國武士為首的御家人全都站在幕府這邊，而響應討幕令的武士卻很少，因此泰時與義時之弟時房率軍西上一個月便擊倒朝廷軍。後鳥羽、土御門、順德三位上皇皆被流放至隱岐、佐渡等離島，仲恭天皇被廢，史稱「承久之亂」。勝利的幕府除了介入皇位繼承，並在京都置「六波羅探題」，用以監視朝廷、京都治安及統轄西國地方，地位僅次於執權，由北条氏世襲。
承久之亂後，幕府的勢力擴展到關西與畿內，因此任命許多新地頭，稱「新補地頭」，與之前的「本補地頭」有所區別。並頒布「新補率法」，針對地頭的俸祿統一規定。1232AD泰時頒布針對武家第一部有系統的法典「貞永式目」51條，亦稱「御成敗式目」，將過去的慣例、武家道德等明文化。至於朝廷的權限內還是實行律令系統的公家法，莊園領主治下則是本所法。時賴充實了幕府的審判制度，由評定眾中選出「頭人」，下設處理御家人領地訴訟的「引付眾」。
取得絕對勝利的幕府並沒有廢除當時的皇室一族自立為帝，原因可能包括：
1.當時的日本人看皇室有著神之後裔的神話色彩，這不是一般武士可以取而代之的。
2.幕府的武士聯合政權性質仍在，北条氏無法一下子成為擁有絕對權力的天皇。
3.鎌倉幕府的經濟基礎來自莊園制，其保守性格便不會廢除莊園制統治代表的皇室。
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