尊王論
儘管政權更迭，但日本天皇一直是形式上與思想上的國家元首，幕府是天皇將政務委託出去而存在，因此過往的尊王思想除了尊敬的意涵，也包括藉此提高幕府的權威。江戶中期以後的尊王思想有了變化，不再是以幕府為本，而是希望建立一個以天皇為政治中心的國家。在經濟上大坂與江戶成為全國性的經濟中心，此種全國統一的型態也對幕藩的各地區分割統治產生衝擊，及成為尊王論的基礎。
1758AD竹內式部的「寶曆事件」，他以垂加神道觀點，認為因為天皇的神德衰弱，朝廷便處於武家下風，天皇與公家信奉垂加神道，政權便可回到天皇手中。因此遭到幕府鎮壓。1767AD山縣大貳的「明和事件」，他的著作「柳子新論」中說，天皇與幕府同時存在是一種複本位制，不符「天無二日，地無二王」，社會亂象皆由此而起。因此只要政權回到天皇手中，罪惡便可消除。
此二人都是從朱子學名分論出發，使得尊王論變成主張王政復古。其後高山彥九郎與蒲生君平等人進一步宣傳此種思想，而在地方領導階層及部份武士中散佈。
1707AD出生的安藤昌益，徹底剝開封建統治的真面目：統治者是站在上位剝削下層人民，所以在上位者與剝削行為都不應該存在，人人都應該是勞動者。他並認為儒家聖人也是不勞而獲的上位者。他批判封建社會，但並沒有對之後會怎麼發展提出見解。
江戶後期各種學術繁榮，很多藩創辦給武士的藩學，有些還有平民教育，村吏、神官、僧侶開辦民間教育機構「寺小屋」，教授實用的學問，因此這一時代日本平民的教育水準算是高的，為往後時代巨變帶來重要的基礎。
藩政改革
與幕府天保改革同時，許多地方藩也展開改革，部份大藩改革成功，對照幕府失敗，發言權大增。
薩摩藩（鹿兒島縣）相對其他地區，最初發展十分落後。江戶中期財政陷入極大困境，年收入15萬兩，負債500萬兩，利息年支出就20至50萬兩。下級武士出身的調所廣鄉，迫使身為債權人的商人同意以250年內無息分期償還債務，但相對給予他們販賣薩摩特產品權利；在薩南群島對農民實行強制專賣及增產砂糖；幕府准許薩摩透過琉球對中國貿易，他暗中進行超過幕府許可額度的貿易，此事後來被幕府發現，調所自殺。
長州藩（山口縣）毛利氏在關原之戰中敗戰，領地大大削減，故江戶初期財政就困難，因此很早就實施紙、蠟等專賣。天保年間以村田清風為中心，起用下級武士、清理負債、採用西學與西式軍備。肥前佐賀藩（佐賀縣）以藩主鍋島直正為中心，實行均田制，消滅地主，將陶器設為專賣、建冶煉金屬用的反射爐、建造大砲。水戶藩主德川齊昭也努力改革，但遭保守派反對。
藩政改革是朝著絕對主義方向發展。世界史上所謂絕對主義是指以國君為中心的中央集權獨裁統治，有中央官僚及中央軍隊，經濟面成為資本主義的先驅。之後的明治維新也是一種絕對主義。
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