貿易
德川家康鼓勵對外貿易。1600AD荷蘭商船尼弗德號漂流到九州，這是荷蘭人來到日本的開始，船上航海士等人被家康請為外交與貿易顧問，其中一位就是後來有了日本名字的三浦按針。荷蘭與英國分別於1609AD及1613AD獲得硃印狀，兩國在平戶設立商館。1609AD西班牙駐呂宋前總督回墨西哥時，船漂到上總（千葉縣），家康派船送他回國，隨行有京都商人田中勝介，這是日本人首次橫渡太平洋到美洲。伊達政宗曾派家臣支倉常長經由墨西哥到達歐洲，晉見當時西班牙國王跟羅馬教皇，但其通商目的沒有達成。葡萄牙人從澳門運送生絲到日本獲得暴利，幕府於1604AD設立「絲割符制度」，由京都、大坂、堺、長崎、江戶等「五所商人」成立「絲割符仲間」，壟斷生絲買賣。
家康積極向東南亞諸國擴展貿易，發給日本商船「硃印狀」證明不是海盜，稱為「御硃印船」，他們進口生絲、絲織品、砂糖、鹿皮、鯊魚皮，出口項目則為貴金屬（日本當時是全世界貴金屬出口大國，銀產量佔全球三分之一）。商人包括島津、松浦、有馬等大名及京都末次、角倉、茶屋等商人。
侵朝戰爭後，家康透過對馬的宗氏與朝鮮和好，朝鮮與宗氏也簽署己酉條約，宗氏每年可向朝鮮派出20艘貿易船。薩摩島津氏則將琉球置於控制之下，但維持獨立，讓琉球得以跟明朝貿易，讓島津間接獲利。至於與明朝的關係，因為明朝鎖國一直未恢復。
外交
幕藩體制完備後，幕府開始鎖國，原因有二：對天主教的警戒，及對外貿易讓各大名擁有實力。
如同戰國時代的一向宗，透過宗教將農民組織起來，成為封建大名的心腹大患，天主教來日本傳教，其信徒也被團結起來，因此幕府於1612AD發出禁教令，之後把許多不肯改教的人民殺死、驅逐國外，甚至把天主教大名高山重友（右近）驅逐到馬尼拉。
過去的貿易行為包括各大名，這讓大名有機會積蓄財富，幕府認為這會威脅到政權的穩定。幕府自1616AD起逐步縮減對外貿易的港口、可貿易的國家、本國可進行貿易的單位，到1641AD把荷蘭商館遷到長崎出島，嚴密監視，鎖國完成。此時只有荷蘭一國可與日本貿易，他們帶來中國的生絲、絲與棉製品及藥品、鐘錶、砂糖、書籍及歐洲文物，尤其後者成為後來日本十八世紀以後（荷）蘭學興起的原因。
對天主教的壓迫，引發1637AD的島原之亂。島原城主松倉氏剝削農民、鎮壓天主教徒，引起農民擁戴少年天草四郎時貞為總大將，也吸引了九州地區被幕府改易的浪士。他們一度打敗幕府軍，但因戰略錯誤最後失敗。鎖國確實有助於封建統治的穩定，但也讓日本大幅落後於全球發展的平均水平。
十七世紀中葉明朝為清朝取而代之，清朝與日本並沒有正式往來，惟中國貿易船來日本的情形仍踴躍，帶來砂糖、香木、獸角、獸皮等，故幕府也限制中國船每年70艘，居住地僅限唐人屋敷。
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