關原之戰
豐臣秀吉死後，豐臣政權立即陷入危機，因為嗣子秀賴僅5歲，無法承接父親的豐功偉蹟及帶來的聲望，無法妥善收拾侵朝戰爭的後事，也因此無法有效壓制諸大名。另一個原因是世代相傳的家臣團（譜代家臣）是當時封建政權穩固的基礎，但秀吉是農民之子，僅他一代就成為天下霸主，他沒有譜代家臣。第三個原因是五大老、五奉行制不是穩固的統治機關，比起前兩個幕府統治能力大為不足。
當時豐臣氏直屬的家臣內部有文治派與武斷派的尖銳對立，前者以石田三成為代表，後者為福島正則、加藤清正。在關東擁有240萬石的德川家康趁勢步步進逼，引起石田三成不滿，雙方終於在1600AD，因上杉氏家臣直江兼續的一封「直江狀」引起家康不滿，準備率各大名討伐時，三成糾結的西軍開始進攻家康在京都的根據地伏見城，家康因此回頭，東西軍在美濃展開「關原之戰」。關原之戰因小早川秀秋等人陣前叛變，東軍勝利，西軍首謀等判死，家康也藉機大幅調動各大名的領地以鞏固自己的統治權。
1603AD，朝廷任命家康為征夷大將軍，開設江戶幕府。此時豐臣氏仍存在，全國大名並非全臣服幕府。1605AD家康退隱，封大御所，秀忠為二代將軍。1614AD藉方廣寺鐘銘事件開戰，經由該年的「大坂冬之陣」與隔年的「大坂夏之陣」，終於消滅了豐臣氏。之後幕府頒佈約束大名的「武家諸法度」與約束朝廷公家的「禁中並公家諸法度」。
江戶幕府
幕府對全國的控制至三代將軍德川家光時期完備。幕府實權首長是將軍；最高官職為「大老」，但不常設；「老中」數名實際管理幕政；「若年寄」承老中之命；其下是「寺社奉行」管理全國寺院神社及相關訴訟、「町奉行」管理江戶行政、警察與司法、「勘定奉行」管財政，此三奉行每個各有兩人擔任。
地方機構中，「京都所司代」負責對朝廷的連絡與監視，及對西國諸大名的監視；幕府直轄京都、大坂、長崎等地，於前兩者設町奉行，後者等地設遠國奉行，其餘地方由勘定奉行掌管，在各地設郡代或代官。重要問題由三奉行組成的評定所決定。由於重要城市、礦山、貿易港皆為幕府直轄，加上直轄地「天領」初期就有200萬石（五代將軍綱吉時代已達400萬石），故幕府初期實力雄厚。
獲封一萬石以上者為大名。大名分親藩、譜代與外樣。親藩包括水戶德川、尾張德川、紀伊德川，稱「御三家」，為家康三個兒子的領地；其他德川宗親則賜姓松平。譜代大名為德川氏家臣，例如井伊、酒井、堀田等，他們出任幕府的大老、老中、若年寄等職。外樣大名則為其他跟德川家沒有關係的大名，對幕政也沒有發言權。大名起初不到200人，江戶中期後約260至270人，稱三百諸侯。
幕府與大名的關係稱為「幕藩體制」，管制內容包括「一國一城令」，大名只有自己住所才能建城，其餘城全拆掉；大名婚姻必須幕府核准，以防串連；「參勤交代」規定大名正室與嗣子需在江戶為人質，大名本人以一年為期間，輪流住在江戶與自己領地（關東地區為半年），藉著往來交通費用與江戶生活費耗盡大名的財產，不過這個制度也相對促進江戶的經濟與交通，及文化傳播到全國各地。
大名的統治機構稱「藩」。大名在幕府監控下，在藩內還是擁有相當主權，此情形某種程度類似聯邦制國家的地方政府。江戶初期各大名還會將領地分封給家臣，但到後來漸漸都以「給米」制度取代，家臣行政官吏化。
將軍直屬、俸祿不足一萬石的稱為「旗本」及「御家人」。旗本可以謁見將軍，大部份人可獲賜領地，後者見不到將軍，只能領俸米。他們出任勘定奉行、町奉行、遠國奉行、各地代官等職。他們都住江戶，戰時按照俸祿多寡率軍參戰，可動員到數萬人。
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