源平合戰
平家政權雖兼具貴族與武士雙重色彩，但掌握經濟基礎的方式使其愈來愈像貴族，便不能代表武士的利益。
後白河法皇之子以仁王號召源賴政舉兵，失敗，兩人皆被殺，但反平家政權的檄文已然散佈，東國武士分別聚集在被流放到伊豆（今靜岡縣）的源義朝之子源賴朝，及隱藏在信濃的賴朝堂弟義仲（木曾義仲）。京都過去反平氏的貴族也展開活動，平清盛擔心京都不穩，原本想遷都福原，但因南都北嶺等寺院反對作罷，清盛也病逝。
木曾義仲先攻進京都，把平家趕往西國，然而他政治能力不高，後白河法皇命賴朝攻之，賴朝派弟弟源義経與源範賴，不但打敗義仲，1185AD在長門（今山口縣）壇之浦將平家徹底滅亡。
義仲與平家先後滅亡，後白河法皇挑撥賴朝與義経，以繼續保持自己的統治地位，命義経討伐賴朝，不過兵敗。義経逃往先前支持他的奧州藤原秀衡處。賴朝命秀衡交出義経。秀衡死後，其子泰衡屈從而殺了義経，但賴朝也藉口出兵滅了泰衡，1189AD源氏勢力遍及陸奧到九州全日本。
鎌倉幕府
鎌倉幕府並不是一下子就成立，而是透過許多次建構、軍事勝利、與朝廷談判而漸漸完整。
賴朝在舉兵後不久就在鎌倉地方，仿貴族的家政機構建立組織，「侍所」管理武士，「公文所」管理政務，「問注所」負責審判。
1190AD滅奧州藤原氏後，賴朝獲任命為右近衛大將。1192AD後白河法皇崩，賴朝獲任命征夷大將軍，鎌倉幕府正式誕生。幕府一詞，在中國是出征中的將軍的幕營，在日本是近衛府別稱，或是近衛大將住所，自賴朝後，幕府一詞代表由武士建立的政權及其權力機構。另外，征夷大將軍過去是征討蝦夷的臨時官職，自此成為幕府最高領導人之意。
除了名（征夷大將軍）與實（鎌倉機構），賴朝並從朝廷手中獲得統治地方的權力。1183AD，賴朝取得對東國國衙領與莊園的控制權。打敗義経後，獲得任命各國守護、地頭權、支配在廳官人權與軍糧徵收權。
鎌倉幕府是日本最初的封建政權，基礎是守護與地頭。守護原則上各國各設一人，由東國實力武士出任，負責該國行政、治安。朝廷雖然持續任命國司，但是東國完全幕府統治，其他地方則透過守護奪權，也就是奪去國司的職權，支配在廳官人，另一方面管理該國的御家人。守護另分擔宮中警衛工作，搜捕謀反及殺人罪犯，稱「大犯三條」。
地頭則是國衙領與莊園的莊官。貴族與寺社仍為莊園領主，因幕府還不是個全新勢力，即使在賴朝一開始獲得的八、九個「關東御分國」知行國及原平家的「關東衙領」，都並未廢除這些領主。地頭過去是莊園領主任命，現在轉為幕府任命，不過他們還是要上繳年貢給領主，但由於領主的反對，幕府任命的地頭初期僅限原平家或謀反者的領地。
對於管理武士，鎌倉幕府以將軍─御家人的關係加以組織。御家人宣誓效忠將軍，藉由被任命為地頭獲得土地支配權，他們對土地的所有權得到明確保障，相對地他們就必須義務守衛京都與鎌倉，戰時必須出戰。對於舊領地的保證稱為「本領安堵」，得到新領地稱為「新恩給與」。透過賜予土地結成主從關係，這就是封建制度。
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